La Chiesa dei Cappuccini, originariamente chiesa e convento di San Benedetto, sorge in una zona oggi centrale della città, ma un tempo isolata rispetto agli edifici principali. Il complesso èstato edificato in un'epoca storica per noi oggi ancora imprecisa, tra gli studiosi c'è chi ipotizza l'819 e chi fa riferimento ad un documento datato 1362, chi parla di XII secolo.
Grazie a testimonianze visibili all'interno della chiesa fino al XIX, è possibile affermare che la chiesa originaria all'interno si articolava in tre navate e addossato alla navata sinistra c'era un grande campanile.
L'interno complesso benedettino cadde in abbandono nel corso del XVI secolo e intorno al 1570 venne affidato ad un gruppo di Gesuiti per realizzare al suo interno un Collegio dedicato all'educazione dei giovani, ma quest'esperienza durò solo un paio d'anni, così già nel 1573 la chiesa e il convento vennero ceduti ai frati Cappuccini.
Oggi la chiesa ci appare con le modifiche apportate dai frati Cappuccini che rimasero nel complesso conventuale fino al 1865. Furono modificati il campanile, la chiesa e il convento. All'interno venne modificata la scansione a tre navata in favore di una navata unica, la scelta fu dettata dall'esigenza di creare un passaggio, nella navata di sinistra, tra la chiesa e il convento, mentre nella navata di destra furono ricavate tre piccole cappelle. Il campanile benedettino venne abbattuto a favore di uno più piccolo, a vela, posto sul fondo del lato sinistro. Il portale potrebbe essere l'elemento più antico giunto a noi, la similitudine con lo stile bizantino dell'Antica Cattedrale di Santa Maria Aprutientis ci permette di riflettere sulla datazione della costruzione della chiesa e potrebbe rafforzare anche l'ipotesi che, al momento dell'incendio del 1156 circa il complesso benedettino era già edificato e che in parte o nella sua interezza, riuscì a salvarsi.
La grande semplicità dell'interno della chiesa rispetta la regola dei frati Cappuccini, l'unico elemento decorativo, fortemente scenografico e capace di rompere l'austerità del luogo, è il grande altare ligneo che occupa l'intera parete di fondo. Realizzato, secondo la tradizione, intorno alla seconda metà del 1700 dal frate Giovanni Palombieri e dai suoi allievi, fra Stefano da Chieti e fra Michele della Petrella, risulta imponente nelle dimensioni e severo nell'organizzazione dello spazio. L'altare è tripartito da due grandi colonne che terminano con capitelli corinzi, il timpano, spezzato al centro da una cimasa con l'immagine di Dio benedicente, risulta allineato con il sottostante tabernacolo, gioiello dell'arte lignea cappuccina. Le tele che decorano l'altare raffigurano al centro l'Immacolata in gloria tra San Benedetto e San Francesco, a sinistra San Giuseppe e sotto Santa Chiara con l'ostensorio mentre e destra San Bartolomeo da Bagnoregio e sotto Gesù Bambino che offre un giglio a Sant'Antonio.
